Toutes les versions de cet article : [English] [français]
– Foundational genomic resources for date palm : A gap-free, telomere-to-telomere phased assembly of Ajwa and 19 high-quality genome assemblies of Phoenix dactylifera
Traduction en français : Ressources génomiques fondamentales pour le palmier dattier : un assemblage phasé, sans lacune, de télomère à télomère de ‘Ajwa et dix-neuf assemblages génomiques de haute qualité de Phoenix dactylifera.
– Article déposé sur bioRxiv, 31 décembre 2025.
– Mirko Celii, Noor Al-Bader, Nahed Mohammed, Yong Zhou, Alice Fornasiero, Maria Navarrete Rodriguez, Raghad Shuwaikan, Umair Toor, Jun Hong, Victor Llaca, Kevin Fengler, Dal-Hoe Koo, Muriel Gros-Balthazard, Vincent Battesti, Thiago Capote, Michael Purugganan, Joel A. Malek, Ikram Blilou, Jesse Poland, and Rod A. Wing.
– DOI : 10.64898/2025.12.30.696066
– PDF en ligne : https://doi.org/10.64898/2025.12.30...
– Notice : https://hal.science/hal-05440322
– Résumé :
Phoenix dactylifera L. est une culture fruitière d’importance économique, nutritionnelle et culturelle majeure dans les régions arides et semi-arides du Moyen-Orient et de l’Afrique du Nord. Nous présentons ici un génome de référence de la variété Ajwa, assemblé sans lacune et de télomère à télomère, ainsi que 19 assemblages génomiques supplémentaires de haute qualité (18 femelles et 1 mâle). Ces assemblages révèlent des structures chromosomiques inédites, validées par des approches de cytogénétique, Hi-C, cartographie optique et analyses de synténie avec d’autres génomes de palmiers. La nomenclature des chromosomes a été révisée sur la base de leurs longueurs moyennes calculées à partir de l’ensemble des génomes séquencés. La région de détermination du sexe (Sex Determination Region, SDR), localisée sur le chromosome 14, a été confirmée par une analyse de k-mers spécifiques du sexe mâle et s’étend sur environ 14,7 Mb. Les régions organisatrices du nucléole (NOR) ont été localisées sur le chromosome 10, où un vaste locus d’ADNr 45S présente des motifs d’espaceurs répétitifs singuliers contenant des séquences de type transposon. Dans certains accessions, une seconde NOR a été identifiée sur le chromosome sexuel femelle. Cet ensemble d’assemblages génomiques du palmier dattier, structuré autour du génome de référence Ajwa, constitue une ressource essentielle pour le développement de stratégies d’amélioration variétale visant à renforcer la résilience génétique et la productivité du palmier dattier.
– Travail réalisé dans le cadre du projet al-ʿUlā DPA.