On the necessity of combining ethnobotany and genetics to assess agrobiodiversity and its evolution in crops : a case study on date palms (Phoenix dactylifera L.) in Siwa Oasis, Egypt

On the necessity of combining ethnobotany and genetics to assess agrobiodiversity and its evolution in crops :
A case study on date palms (Phoenix dactylifera L.) in Siwa Oasis, Egypt

[Siwa #2]
(traduction possible du titre provisoire : Sur la nécessité de combiner l’ethnobotanique et la génétique pour évaluer l’agrobiodiversité et son évolution des plantes cultivées :
Une étude de cas sur les palmiers dattiers (Phoenix dactylifera L.) dans l’oasis de Siwa, Égypte.)
de Muriel Gros-Balthazard* & Vincent Battesti*, Sarah Ivorra, Laure Paradis, Frederique Aberlenc, Oumarou Zango, Salwa Zehdi, Souhila Moussouni, Summar Abbas Naqvi, Claire Newton, Jean-Frederic Terral.
(* Vincent Battesti & Muriel Gros-Balthazard ont contribué de façon égale à ce travail)
Evolutionary Applications journal (2020), vol 13 (8), p. 1818-1840.
DOI : 10.1111/eva.12930
ISSN : 1752-4571
Fichier pdf : https://hal.science/hal-02375285
Sur le site de la revue : https://doi.org/10.1111/eva.12930 Open Access

Travail soumis à publication à la revue Evolutionary Applications : oct. 2019.
Titre intermédiaire : Siwa #2 : Integration of ethnobotany and population genetics uncovers the agrobiodiversity of date palms of Siwa Oasis (Egypt) and their importance to the evolutionary history of the species.
BioR𝘟iv : https://www.biorxiv.org/content/10....
Article accepté par la revue Evolutionary Applications : déc. 2019.
Publié comme « Early View » : 6 fév. 2020.
Publié dans un numéro de la revue : 2 sept. 2020.

– Il s’agit d’une sorte de suite de l’article Siwa #1 : Date palm agrobiodiversity (Phoenix dactylifera L.) in Siwa oasis, Egypt : combining ethnography, morphometry, and genetics.
et avant cela, de l’article Siwa #0 : L’agrobiodiversité du dattier (Phoenix dactylifera L.) dans l’oasis de Siwa (Égypte) : entre ce qui se dit, s’écrit et s’oublie.

– Résumé :

La diversité des plantes cultivées est façonnée par des processus biologiques et sociaux qui interagissent à différentes échelles spatiotemporelles. Nous avons ici combiné la génétique des populations et l’ethnobotanique pour étudier la diversité du palmier-dattier (Phoenix dactylifera L.) dans l’oasis de Siwa, en Égypte. Sur la base d’entretiens avec des agriculteurs et de l’observation des pratiques sur le terrain, nous avons collecté 149 palmiers dattiers de l’oasis de Siwa et 27 palmiers dattiers non cultivés provenant d’oasis abandonnées dans le désert environnant. En utilisant les données de génotypage de 18 loci microsatellites nucléaires et plastidiques, nous avons confirmé que certains types nommés constituent chacun une ligne clonale, c’est-à-dire un « cultivar vrai » (true-to-type). Nous avons également constaté que d’autres sont des collections de lignes clonales, c’est-à-dire des « ethnovariétés », voire même des échantillons non apparentés, c’est-à-dire des « catégories locales ». Cela modifie les évaluations existantes de l’agrobiodiversité, qui sont visiblement sous-estimées, et révèle l’impact des pratiques agricoles de faible intensité, mais très efficaces, sur la biodiversité. Ces pratiques difficilement observables, supposées par l’enquête ethnographique et confirmées par l’analyse génétique, sont rendues possibles par la façon dont les Isiwans conçoivent et classifient les êtres vivants dans leur oasis, qui ne correspond pas tout à fait à la façon dont les biologistes le font : une disparité classique des catégorisations étiques vs. émiques. En outre, nous avons établi que les palmiers dattiers de Siwa représentent un groupe génétique unique et très diversifié, plutôt qu’un sous-ensemble de la diversité des palmiers d’Afrique du Nord et du Moyen-Orient. Comme nous l’avons montré précédemment, les palmiers dattiers d’Afrique du Nord présentent des signes d’introgression par le parent sauvage Phoenix theophrasti Greuter, et nous avons constaté que les palmiers dattiers non cultivés des oasis abandonnées partagent encore plus d’allèles avec cette espèce que les palmiers cultivés de cette région. L’étude des palmiers dattiers de Siwa pourrait donc être une clé pour la compréhension de la diversification des palmiers dattiers en Afrique du Nord. L’intégration de l’ethnographie et de la génétique des populations a permis de comprendre l’interaction entre la gestion de la diversité dans l’oasis (l’échelle du court terme) et les origines et la dynamique de la diversité au travers de la domestication et de la diversification (l’échelle du long terme).

Vincent Battesti (anthropologue, CNRS, Musée de l’Homme) et Muriel Gros-Balthazard (généticienne, Center for Genomics and Systems Biology, New York University, Abu-Dhabi) ont conduit et contribué à ces travaux de façon égale.

A farmer in a date palm of his garden, Siwa Oasis (Egypt), Nov. 11th, 2014, Vincent Battesti

In a garden of the the palm grove of Siwa Oasis (Egypt), Dec. 3rd, 2013, Vincent Battesti

New paper with M. Gros-Balthazard in Evolutionary Applications : On the necessity of combining ethnobotany and genetics to assess agrobiodiversity and its evolution in crops : a case study on date palms (Phoenix dactylifera L.) in Siwa Oasis, Egypt : https://t.co/JixyVNANfT pic.twitter.com/0SBqg7PGCp

— Vincent Battesti (@Battesti) May 30, 2020